Em Antióquia, decidiu-se por uma penosa viagem até a Índia para morar com os sábios Brâmanes e visitar os Magos da Babilônia e Susa. Ao revelar seu plano aos seus sete discípulos principais, encontrou-os não só relutantes em acompanhá-lo, mas mesmo tentando dissuadí-lo de sua resolução. "Eu consultei o conselho dos deuses e comuniquei-vos a sua decisão", disse ele. "E eu vos testei para ver se sois fortes o bastante para empreender o mesmo que eu". Desejou-lhes boa sorte, mas acrescentou, "devo ir aonde a sabedoria e os deuses me conduzirem". Apolônio voltou seu rosto para o Oriente e para os fundos reservatórios da sabedoria sempre compartilhados com quem verdadeiramente os procura. Ele viajou primeiro para Nínive, onde Damis, um nativo da cidade, imediatamente reconheceu a profundeza de Apolônio e ofereceu-se ao serviço do sábio viajante. "Partamos, Apolônio", disse ele, "tu seguindo Deus e eu a ti". Ele assinalou que conhecia a região em torno da Babilônia e que falava várias línguas, especialmente a dos armênios, medos e persas. "E eu, meu bom amigo", replicou Apolônio, "entendo todas as linguagens, embora jamais tenha aprendido nenhuma". Damis ficou espantado. "Não precisas te admirar de meu conhecimento de todas as linguagens, pois, para te dizer a verdade, eu também conheço todos os segredos do silêncio humano". Damis saudou-o como a um daimon, ofereceu-lhe seu serviço e permaneceu ao seu lado pelo resto de sua vida. Ele registrou cada conversação que ouviu e todas as que Apolônio lhe contou, pela razão de que "se os deuses têm banquetes, e se tomam alimento, devem ter serviçais cuja tarefa é a de que nem mesmo os fragmentos da ambrósia que caiam ao solo sejam perdidos".
Tendo conseguido a leal companhia de Damis, Apolônio deixou Nínive, indo á Babilônia. Lá, entrou no maravilhoso esplendor do palácio real sem dar-lhe a menor importância. Seus modos confiantes e a recusa em prestar homenagem à imagem do rei, associada ao reconhecimento das virtudes régias, logo levou-o à presença real. Vardan estava prestes a sacrificar um cavalo nísio branco em honra do sol e convidou Apolônio para juntar-se a ele. O sábio declinou e em vez disso tomou um punhado de incenso e dirigiu-se ao sol: "Oh tu, Sol, manda-me sobre a terra até aonde for agradável a mim e a ti, e possa eu associar-me aos homens bons, mas jamais ouça nada dos maus, nem eles de mim". E jogou a oferenda ao fogo, declarou que este fora um bom augúrio, e escusou-se do sacrifício do cavalo.
Vardan insistiu que Apolônio ficasse nos apartamentos reais, mas ele recusou. Alojou-se junto a um homem modesto de boa reputação e preparou-se para fazer visitas diárias á corte. Desde aquele momento, Apolônio atendeu o rei, ofereceu conselho judicial, curou doenças e forneceu as bases de um bom governo: "Respeite muitos, e confie em poucos". Apolônio também conversou com os Magos, declarando que eles eram sábios em sua maior parte. Quando chegou a hora da partida, pediu a Vardan que cuidasse dos Magos e remunerasse sua classe. O rei perguntou-lhe o que traria em seu regresso. "Um gracioso presente, pois vou para homens mais sábios pelo consenso dos povos, e devo retornar aqui um homem melhor do que o que ora sou". O rei abraçou-o, dizendo, "Possas voltar, pois isto seria de fato um grande presente".
A viagem até o Indo foi áspera, cheia de perigos físicos e psíquicos, mas quando o pequeno grupo chegou ao Indo, Fraotes, o rei de Taxila, acolheu Apolônio em seu palácio. Apolônio ficou encantado com suas entradas sem guarnição, salas simples e estilo austero. "Estou deliciado, oh rei, de encontrar-vos vivendo como um filósofo".
"E eu", respondeu o rei, "estou deliciado que penses de mim desta maneira". E o rei, falando um grego perfeito, insistiu que Apolônio o convidasse para um banquete, uma vez que o sábio, acreditava, era seu superior, "pois a sabedoria tem uma qualidade mais régia". No banquete, Fraotes descreveu o treinamento filosófico na Índia:
"Em muitos casos os olhos de um homem revelam os segredos de seu caráter, e em muitos casos há material para formar um julgamento e avaliar seu valor nas suas sobrancelhas e faces, pois por estas características a disposição da pessoa pode ser detectada pelos homens da sabedoria e da ciência, como imagens vistas num espelho... É absolutamente necessário que aqueles que abracem a filosofia sejam testados e sujeitos a milhares de modos de prova... Nós estudamos a filosofia sob a direção de Mestres, e entre nós a admissão se dá através de exame.
Fraotes havia sido encaminhado com a idade de doze anos aos sábios que Apolônio procurava, e eles o haviam feito seu filho. Fraotes explicou: "Os verdadeiros sábios vivem entre o Hífase e o Ganges, em um país que Alexandre jamais invadiu - não porque tivesse medo do que houvesse lá, mas porque os oráculos lhe advertiram para não fazê-lo. Depois que Fraotes deu a Apolônio uma carta endereçada a Iarcas, o chefe dos sábios, o grupo saiu dos limites do império de Alexandre.
Depois de marcharem diversos dias em direção ao Leste, chegaram a uma vila na base da montanha dos sábios. Ali foram recebidos por um jovem e moreno indiano que dirigiu-se a eles pelo nome em um grego fluente. Ele ordenou que Damis e os demais do grupo ficassem na vila enquanto Apolônio subia ao monte com ele até a séde dos Mestres. "Encontramos homens que são genuinamente sábios", disse Apolônio para Damis, "pois eles parecem ter o dom de prever o futuro". Subindo a montanha escondidos por uma nuvem produzida magicamente, ele passou pela Fonte do Teste, cujas águas índigo jamais foram bebidas e cuja superfície criava um arco-íris de luz a cada meio-dia; passou pelo Fogo do Perdão, uma cratera incandescente natural, e passou pelo Vaso das Chuvas e o Vaso dos Ventos. Perto do cume Apolônio viu "Brâmanes indianos vivendo sobre a Terra e ainda assim não nela, e fortificados sem fortalezas, e nada possuindo, mas tendo as riquezas de todos os homens".
Quando Apolônio chegou à presença dos sábios, Iarcas cumprimentou-o em grego e falou da carta de Fraotes. O sábio prosseguiu contando a Apolônio o conteúdo exato da carta, incluindo a menção a um delta ausente em uma das palavras. Então Iarcas recontou tudo o que havia sucedido durante a viagem de Apolônio. "Vieste com uma parcela de sabedoria", concluiu Iarcas, "mas tu ainda não és um adepto".
"Vós me ensinareis, então, toda esta sabedoria?"
"Sim, e com alegria, pois isto é muito melhor do que reter e esconder assuntos de interesse".
"Vós realmente discernistes minha exata constituição?", perguntou Apolônio.
"Nós", respondeu Iarcas, "podemos ver todos os traços espirituais, pois nós os pesquisamos e detectamos por uma infinidade de sinais. Nós sabemos tudo porque começamos por conhecer a nós mesmos, pois nenhum de nós seria admitido a esta filosofia a menos que antes conhecesse a si mesmo". Quando ele perguntou aos sábios quem eles se consideravam, Iarcas respondeu: "Deuses, pois somos homens bons". Iarcas falou então a Apolônio sobre suas vidas pregressas. Quando Apolônio perguntou-lhe sobre o número de sábios, que era dezoito, Iarcas respondeu que "não somos considerados por nosso número, nem os números se dignificam por nossa causa, mas devemos nossa honra superior à sabedoria e à virtude".
Iarcas falou do universo como uma criatura viva e sobre os cinco elementos - o quinto sendo o éter, cujo aspecto mais elevado preenche a alma sábia. Ele falou sobre o sofrimento causado pela ruptura da ordem da natureza e deu a Apolônio sete anéis para seu auxílio e proteção. Além destas palestras, Apolônio manteve muitas outras que não foram contadas a Damis, e diversas que também incluíram o próprio Damis. Depois de quatro meses Apolônio estava pronto para deixar os dezoito sábios. Ele deu a Iarcas uma carta:
"Eu vim a vós a pé, mas vós me presenteastes com o mar; mas compartilhando comigo vossa sabedoria, vós me fizestes até mesmo voar pelos céus".
Apolônio então iniciou um giro pelo mundo romano, começando por Éfeso. Os oráculos de Cólofon, Dídima e Pérgamo louvaram sua sabedoria, e os negócios e a indústria da cidade pararam á medida que o povo se juntava para cumprimentar o sábio. Ele incentivou os efésios a seguirem a filosofia e viverem em um espírito comunitário, amparando e sendo amparados mutuamente. Ele alertou sobre uma praga que se aproximava, deu conselhos de como minimizar seus efeitos, e então aceitou um convite para visitar Esmirna. Ele encorajou seus cidadãos a se orgulharem de si mesmos como seres humanos antes do que pela famosa beleza de sua cidades, e ensinou que um equilíbrio harmonioso entre o espírito individualista e a concórdia garantiriam melhor a segurança do estado, pois então cada pessoa faria o que melhor sabe fazer e a pretensão não desgastaria a estrutura social. Enquanto estava em Esmirna, a praga em Éfeso assumiu proporções epidêmicas e a cidade mandou uma delegação para pedir-lhe ajuda. Apolônio só disse "Vamos", e instantaneamente apareceu em Éfeso, imitando Pitágoras que uma vez esteve em Turii e em Metaponto ao mesmo tempo. A população de Éfeso juntou-se a Apolônio no anfiteatro e lá ele identificou um demônio sob a forma de um homem velho, acusou-o e o destruiu quando este se transformou em um cão selvagem. A praga desapareceu.
Apolônio saiu então da Jônia e dirigiu sua rota para a Hélade. Em Ílio Apolônio passou a noite entre as tumbas dos heróis caídos na Guerra de Tróia, e então embarcou para Metimna, perto de Lesbos, na Eólia, pois em sua vigília havia descoberto que lá ficava a tumba de Palámedes. Palámedes, famoso por sua sabedoria, e inventor do farol, da balança, do alfabeto e do disco, havia se associado à expedição contra Tróia, mas foi falsamente acusado de traição e apedrejado até a morte pelos gregos. Durante toda sua vida Apolônio insistiu que em uma encarnação anterior havia sido Palámedes. Recém havia desembarcado, descobriu a tumba e uma estátua enterrada perto dela. Ele restaurou a estátua e ofereceu uma invocação:
"Oh Palámedes, esquece a ira, pois te enfureceste contra os aqueus, e concede que os homens possam se multiplicar em número e em sabedoria. Sim, oh Palámedes, autor de toda eloqüência, autor das Musas, autor de mim mesmo".
Apolônio chegou em Atenas no dia do festival epidáurico para ser iniciado nos Mistérios Eleusinos, mas o hierofante se recusou a iniciar Apolônio pelo fato de que ele havia se introduzido em outros ritos. O sábio censurou o sacerdote por temer uma sabedoria maior que a sua própria, mas quando o sacerdote reconsiderou, foi Apolônio quem recusou a iniciação, predizendo que no futuro ele seria iniciado por outro. O assistente que ele nomeou assumiu a liderança dos Mistérios quatro anos mais tarde, e então Apolônio foi iniciado nos segredos de Elêusis. Durante sua estada em Atenas ele mostrou como um homem religioso poderia adaptar um sacrifício sem sangue e uma libação para qualquer deus, curou um jovem possuído por um demônio e reorganizou o festival de Dionísio. Convidado, o sábio visitou Esparta e encorajou o povo a aderir aos seus valores tradicionais. Os lacedemônios haviam sido acusados de abuso de liberdade por Nero, e Esparta havia se dividido sobre que atitude tomar, se uma agressiva ou uma pacífica. "Palámedes descobriu a escrita", sugeriu Apolônio, "não só a fim de que as pessoas pudessem escrever, mas também a fim de que pudessem saber o que não deviam escrever". Os lacedemônios tomaram um caminho intermediário e o assunto logo foi resolvido. Em sonho, Apolônio foi avisado para ir a Creta. Logo depois que chegou, um terremoto espalhou o terror nos corações da população. Mas Apolônio os acalmou declarando que a Terra havia na verdade dado à luz uma nova região. Viajantes vindos de Cidoniatis logo relataram que uma nova ilha havia surgido entre Thera e Creta.
Quando Nero desencadeou uma severa perseguição aos filósofos em Roma, Musônio de Babilônia foi aprisionado e Apolônio embarcou para a Itália para ver o que poderia ser feito. Embora trinta e quatro companheiros embarcassem com ele, só oito ousaram entrar em Roma com Apolônio. Quando interrogado pelo simpatizante mas amedrontado Telesino, Apolônio recusou-se a adequar sua fala e comportamento públicos para evitar confronto com o imperador. Em vez disto, ele visitou os templos e suscitou uma revivescência espiritual em Roma. Tiguelino, o camareiro-mor de Nero, prendeu Apolônio e acusou-o de impiedade contra o imperador. Desenrolando o pergaminho onde a acusação havia sido escrita, Tiguelino encontrou-o totalmente em branco. Imediatamente, libertou o sábio. Apolônio encontrou uma procissão fúnebre passando pelas ruas e descobriu que a defunta havia morrido na hora em que estava se casando. Apolônio ordenou que a morta fosse baixada ao chão, inclinou-se sobre ela e sussurrou em seu ouvido, e a moça imediatamente acordou. Ele recusou qualquer recompensa pelo ato.
Nero embarcou para a Grécia e Apolônio para a Ibéria, onde ele muitas vezes dizia aos habitantes o que Nero estava fazendo na Grécia. Encorajando a população a resistir a Nero, Apolônio partiu para a Sicília onde previu com exatidão que Vitélio, Galba e Oto deveriam cada um por sua vez reinar durante um curto período. Tomando um navio de Siracusa em direção à Grécia, transferiu-se para um outro, leucadiano, em Leucas, avisando que o primeiro haveria de naufragar. Em Lequeu seu companheiros souberam que o navio de Siracusa havia perecido no Golfo Crísio. Depois de visitar Atenas e Rodes, Apolônio embarcou para Alexandria, onde examinou criticamente o culto egípcio do fogo. Rejeitando os untuosos ritos do fogo dos sacerdotes, disse: "Se realmente tivésseis algum conhecimento da natureza do culto do fogo, veríeis que muitas coisas são reveladas no disco do sol no momento de seu nascimento".
Vespasiano, enviado por Nero para reprimir a revolta judia na Palestina, convidou Apolônio para visitá-lo e aconselhá-lo. Quando Apolônio recusou-se a viajar á Palestina por que ela estava poluída, Vespasiano foi a Alexandria com seus conselheiros, Díon e Eufrates, para consultar o sábio. Antes que Vespasiano entrasse oficialmente na cidade, foi para junto de Apolônio num templo e ofereceu-lhe uma prece: "Torna-me rei".
"Já o fiz", replicou o sábio, "pois ofereci uma prece por um rei que fosse justo e nobre e moderado".
"Oh Zeus!", exclamou Vespasiano, "possa eu ter influência sobre os homens sábios, e possam os homens sábios ter influência sobre mim".
Apolônio passou muitos dias em concílio cerrado com o general, ganhando o respeito de Díon e o perene ódio de Eufrates, pois o sábio sustentava que a liderança de um imperador sábio era muito melhor do que uma constituição seguida por homens medíocres - "pois eu mesmo não me importo com as constituições, vendo que minha vida é governada pelos deuses". Depois que Vespasiano foi declarado imperador em Alexandria, o sábio advertiu-o para agir como um soberano quando governando e como um cidadão comum nos assuntos pessoais.
Com o império assumindo alguma aparência de ordem, Apolônio voltou sua atenção para o Alto Egito e a Etiópia. O sábio investigava cada cidade, templo e local religioso à medida que seu grupo viajava Nilo acima para encontrar os ascetas nus conhecidos como Gimnosofistas. Ele desapontou-se, pois embora pudessem remontar seu conhecimento até à Índia, Tespésio, seu líder, ensinava que os Brâmanes não tinham nenhuma sabedoria verdadeira. Os Gimnosofistas havia reduzido seu conhecimento ao ritual e a sua visão ao dogma. Durante os longos discursos de Apolônio, só Nilo, o mais jovem dos Gimnosofistas, o entendeu. Nilo entrou para seu grupo. Na volta, souberam que a coroa de Roma havia sido oferecida a Tito e ele a recusara porque havia derramado sangue. Apolônio apressou-se para Antióquia para conferenciar com ele, advertindo o futuro imperador para se acautelar contra os inimigos de seu pai até que ele mesmo se tornasse imperador, e, depois disso, contra seus próprios parentes.
Tito logo foi sucedido por Domiciano, o perseguidor dos amigos de Apolônio, especialmente de Nerva. Eufrates foi para Roma para convencer o imperador de que o sábio estava envolvido em uma conspiração contra o trono. Domiciano emitiu uma ordem ao governador da Ásia para que prendesse o sábio, mas a previsão de Apolônio permitiu-lhe partir para Roma antes que a ordem chegasse. Quando Apolônio navegava Tibre acima até Roma, Eliano, um conselheiro de Domiciano que havia encontrado o sábio no Egito, enumerou as acusações e descreveu as farsas da justiça na corte. De acordo com o parecer, Eliano deteve Apolônio e colocou-o na prisão. Antes do que preparar uma defesa, Apolônio passou seu tempo encorajando os outros prisioneiros. Damis protestou que "é um erro falar de filosofia com homens tão quebrantados em espírito como estes". "Não", respondeu o sábio, "são eles exatamente as pessoas que mais desejam que alguém lhes fale e os conforte". Apolônio operou tamanha transformação entre os prisioneiros, embora estivesse acorrentado e sua cabeça tivesse sido raspada, que Domiciano rapidamente antecipou a data do julgamento. Damis preocupou-se que Apolônio não tivesse tempo suficiente para prepara sua defesa. "Estás indo defender tua vida ex tempore?", perguntou Damis. "Sim, pelo Céu, pois uma vida ex tempore é a que eu sempre levei".
Damis chorou ao ver seu mestre cruelmente acorrentado, mas Apolônio insistiu: "Até onde depende do veredito da corte, estarei livre hoje mesmo, mas até onde depende de minha vontade, será aqui e agora". Então, livrando seu pé sem qualquer esforço das correntes, acrescentou: "Eis uma prova positiva para ti de minha liberdade; assim, consola-te". Damis escreveu que só então percebeu que Apolônio não era apenas abençoado pelos deuses, mas que era ele mesmo divino. Logo antes de seu julgamento, Apolônio enviou Damis por terra para Diceárquia, "pois lá me verás aparecer para ti".
"Vivo, ou como?"
"Vivo", sorriu Apolônio, "mas tu me crerás ressuscitado dos mortos".
A corte estava superlotada, pois Domiciano queria que muitas testemunhas vissem Apolônio desmascarado como conspirador. Apolônio não pôde defender-se; antes, Domiciano fez-lhe perguntas importantes. "Por que os homens te chamam de um deus?"
"Porque todo homem considerado bom é honrado com o título de deus".
"O que inspirou tua previsão de que os efésios sofreriam uma praga?"
"Eu seguia uma dieta mais leve que os outros, assim eu fui o primeiro a sentir a praga".
Domiciano, embaraçado com o efeito que estas respostas tiveram sobre a audiência, tentou adiar a sessão, mas o sábio interrompeu: "Concede-me a oportunidade de falar. Se não, envia alguém para prender meu corpo, pois minha alma não podes tomar. Antes, não podes nem mesmo tomar meu corpo - pois não me podes matar, uma vez que, digo-te, não sou mortal". E Apolônio se desvaneceu diante dos olhos de todos. Domiciano ficou tão atônito que recusou emitir uma ordem de busca ao sábio. Em Diceárquia, Apolônio apareceu para Damis, contou-lhe tudo o que havia acontecido e fez planos para embarcar para a Hélade.
Chegando na Grécia, Apolônio foi reverenciado como um deus, pois viajantes logo trouxeram as notícias dos espantosos eventos em Roma. O sábio viajou através da Hélade, visitando santuários, incluindo a gruta de Trofônio, onde recebeu um volume de Pitágoras, e passou para Esmirna e Éfeso. Lá ele viu o assassinato de Domiciano na hora em que isto estava ocorrendo em Roma, e informou o povo de sua libertação do tirano. Quando Nerva, que Apolônio defendera enquanto esteve preso, ascendeu ao trono, convidou o sábio para que fosse a Roma. Apolônio recusou, mas deu uma carta a Damis para levá-la ao imperador com a instrução: "Vive sem ser observado, e se isso for impossível, sai da vida sem que te observem". Vendo Damis partir, acrescentou: "Mesmo quando filosofares por ti mesmo, mantém teus olhos em mim". Damis partiu, e Apolônio desapareceu da história. Muitas são as versões de sua morte, aqui e ali, em Éfeso, em Lindo, em Creta. Alguns dizem que ele subiu diretamente para o céu ou desapareceu em um templo de Esculápio; outros que ele após a morte apareceu para quem duvidava; ainda outros dizem que ele jamais morreu. Todos concordam sobre sua vida de singular virtude, sabedoria, sacrifício e beneficência, e sobre o ensinamento que ele melhor exemplificou:
"Os homens bons têm em sua constituição algo de Deus. Devemos entender as coisas no céu e todas as coisas no mar e na terra, que são abertas à fruição de todos os homens igualmente, embora seus destinos não sejam iguais. Mas existe também um universo dependente do homem bom que não transcende os limites da sabedoria, que permanece na necessidade de um homem moldado à semelhança de Deus... um homem para administrar e velar pelo universo das almas, um deus enviado pela sabedoria... capaz de afastá-los dos desejos e paixões".